Mustialan opetus- ja tutkimustilalla on lähes 200 vuoden historia. Karjaa tilalla on ollut aina ja rotukirjokin melkoinen. Tila on ollut mukana tuotosseurannassa vuodesta 1935, joten ainakin tuon ajan on Mustialassa tehty systemaattista jalostustyötä. Länsisuomenkarjan kasvatuksella on pitkät perinteet, vaikka ayrshirerotu syrjäyttikin sen lähes kokonaan. Ay-karjan rinnalle tuli 1990-luvulla myös holstein-friisiläisiläistä karjaa, joka Mustialassakin on muuttunut sekä Suomessa että kansainvälisesti yleisimmäksi roduksi, hosteiniksi. Nykyisin rotujakauma 75-80 lehmän karjassa on noin 40 holsteinlehmää ja noin 30 ayrshirelehmää, loppujen ollessa kaikkia suomenkarjan rotuja ja jerseytä. Karjasta löytyy myös brown swiss -rodun ja guernseyn edustajat. Suomenkarjan jalostukseen ja säilytykseen on haluttu myös panostaa, joka sopii tietysti myös tilan imagoon luomu- ja opetusmaatilana.
Jalostuksen tavoitteena on kehittää eläinainesta taloudellisesti kannattavaan suuntaan. Aiemmin jalostustavoitteena oli rakenteen kehittäminen. Tuolloin Mustialassa käytettiin pääosin tuontisonneja USA:sta ja etenkin ay-rodun kohdalla Kanadasta. Myös alkionsiirtoja tehtiin jonkin verran ostoalkioilla. Rakennejalostus toikin tulosta. Mustialasta ei poistettu yhtään lehmää huonon utarerakenteen takia tilan siirryttyä automaattilypsyyn 2015. Osittain luomutuotantoon siirtymisen takia myös jalostustavoitteet ovat muuttuneet. Maidon hinnoittelun takia lisää painoa on pantu maidon pitoisuuksille. Tämä onkin ollut perusteltua, koska pitoisuudet ovat olleet keskitasoa alemmat ja edelleen laskeneet luomutuotannon myötä. Vaikka karjan kannattavuus Tuotostutka-analyysin perusteella on selvästi parantunut, heikentävät alhaiset pitoisuudet saatavaa litrahintaa. Uusien tavoitteiden myötä on siirrytty käyttämään yhä enemmän pohjoismaisia sonneja.
Jalostukseen liittyvät palvelut ostetaan FABAlta. Kaikki syntyvät vasikat genomitestataan. Tilalla käytetään DNA- korvamerkkejä, joten genominäyte saadaan kätevästi vasikoiden korvamerkinnän yhteydessä. Kaikki lehmät myös rakennearvostellaan. Jalostussuunnitelman tekevät FABAn eläinaineksen asiantuntijat. Koska tilalla on oma siemenannossäiliö, jonne tilataan sonnit tarpeen mukaan, on tilan yleisin lehmäkohtainen suositus ”nimetty sonni”. Koska myös kestävyyteen on haluttu panostaa, on ylimääräistä hiehojen tuotantoa rajoitettu melko voimakkaalla lihasonnien käytöllä. Näiden osuus suosituksista on ylittänyt 30%. Sukupuolilajiteltua siementä on käytetty muutamalle mieleiselle lehmälle, joilta erityisesti toivottu tyttäriä karjaan.
Jalostussuunnitelma 2022 (Faba)
Jalostussuunnitelma 2019 (Faba)