Mustialan karjanhoidon keskeinen tavoite tuottavuuden rinnalla on eläinten hyvinvointi. Koulutilalla eläimiä käsitellään paljon ja niillä on runsaasti ihmiskontakteja vasikasta asti. Eläimet ovat kesyjä, hoitajiinsa luottavia ja helposti käsiteltäviä. Tällä on suuri merkitys eläinten stressitason ja yleisen hyvinvoinnin kannalta.
Navetan ja eläinten lähiympäristön vaikutus hyvinvointiin on kiistaton. Mustialan navetassa eläinten käytösssä oleva pinta-ala täyttää hyvin luomutuotannon vaatimukset. Kiinteän lattian osuus koostuu parsipedeillä varustetuista turvekuivitetuista makuuparsista sekä parsimatolla katetusta syöntialueesta. Mahdollisimman eteen siirretyt niskapuomit sallivat lajinmukaiset liikeradat makaamaan käydessä ja ylös noustessa. Robottiryhmällä ja tiineiden hiehojen ryhmällä on mahdollisuus ulkoiluun ympäri vuoden.
Poikivia ja sairaita yksilöitä varten on kaksi tilavaa kolmelle eläimelle tarkoitettua ryhmäkarsinaa. Karsinoissa on väliaidat, joiden avulla yksin oloa vaativalle eläimelle voidaan rajata oma muilta rauhoitettu karsina. Karsinoissa on lämpimän makuualustan ja pitävän pohjan tarjoava olkiturvekestokuivitus. Karsinoissa on myös lypsymahdollisuus, joten esimerkiksi huonosti liikkuvaa eläintä ei tarvitse siirtää karsinasta lypsyn takia.
Vasikkalassa on vastasyntyneille vasikoille kiinteäpohjaiset lämpölampuilla varustetut kuivitetut yksittäiskarsinat. Karsinoiden väliaidat voidaan vetää pois, jolloin karsinasta saa helposti parikarsinan. Näin vasikoiden ryhmäytymistä ja ryhmäkarsinaan siirrosta johtuvaa stressiä voidaan pienentää, kun muutto uuteen karsinaan tapahtuu tutun kaverin kanssa. Ryhmäkarsinat ovat poikimakarsinoiden tapaan kestokuivikepohjaisia. Vasikkalan ilmanvaihto on ylipaineinen. Tarkoituksena on estää tartuntojen, etenkin mahdollisten hengitystieinfektioiden, siirtyminen navetan puolelta vasikkalaan. Vasikat juotetaan luomuehtojen mukaisesti kolmen kuukauden ikään täysmaidolla. Juotto tapahtuu lajinmukaisesti tuttiämpäreistä.
Kesällä kaikki eläimet laiduntavat. Automaattilypsyssä olevat lypsylehmät pääsevät laitumelle ympäri vuorokauden. Laidunta tälle ryhmälle on viisi hehtaaria jaettuna viiteen lohkoon. Laidunnus tapahtuu rotaatiolaidunnuksena, jolloin eläimet siirretään lohkolta toiseen päivittäin. Uusi lohko innostaa syömään. Navetassa on kuitenkin täysi ruokinta myös kesällä, jolloin laidunrehun kulutus jää matalaksi. Toisaalta lypsylläkäyntiaktiivisuus on säilynyt sisäruokintakauden tasolla. Hiehot ja ummessa olevat lehmät laiduntavat ympärivuorokautisesti koko kesän pidennetyn laidunkauden mukaisesti. Hiehojen laitumet ovat kampusalueen ympärillä. Niihin liittyy suoja-alueina metsää. Myös maisemanhoitokohteita on laidunkäytössä. Näin ylläpidetään kasvillisuuden ja maiseman monimuotoisuutta.